Sejak tanggal 26 Pebruari 1957 di Kauman Kecamatan Wiradesa Kabupaten Pekalongan sudah didirikan Madrasah Wajib Belajar (MWB) atau Madrasah tingkat dasar dibawah naungan Muhammadiyah.
Sesuai Undang-undang Pendidikan dan Pengajaran No. 12 tahun 1950 pasal 10 ayat 2, didirikan Madrasah wajib belajar di Desa Kauman Kecamatan Wiradesa Kab. Pekalongan. Dan berdasarkan piagam pendirian perguruan Muhammadiyah No. 3566/I.089/JTg./79 tanggal 18 Agustus 1979, MIM Kauman adalah lembaga milik Persyarikatan Muhammadiyah di bawah binaan Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Cabang Wiradesa. Tepat tanggal 1 Januari 1975 dengan nama Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah Kauman berstatus Perguruan Agama Swasta No Induk 02372 dari Departemen Agama Republik Indonesia Perwakilan Propinsi Jawa Tengah.
Dalam perkembangannya, pernah pada tahun 2003 MI Muhammadiyah Kauman kurang diminati masyarakat. Indikasinya dilihat dari jumlah siswa semakin menurun. Dari jumlah rata-rata per kelas 30 siswa menjadi 20 siswa. Hal ini dipengaruhi geostrategis yang kurang menguntungkan dan rendahnya minat masyarakat terhadap pendidikan madrasah. Kuat dugaan letak madrasah di pinggir jalan raya Pantura yang kurang kondusif akibat padatnya lalu lintas, polusi suara dan debu, dan rawan kecelakaan bagi anak maupun pengantar siswa. Hal lain adanya pandangan sekolah di madrasah adalah kurang memiliki prestasi. Namun sejak tahun 2004 madrasah direlokasi dengan suasana sejuk, sarana dan prasarana yang lebih baik dan kondusif untuk belajar. Dan dilakukan perubahan pengelolaan / manajemen sehingga pada tahun 2009 telah menyandang madrasah dengan akreditasi A yang berlaku hingga tahun pelajaran 2014/2015.
Dengan lokasi barunya, MI Muhammadiyah Kauman menempati tanah seluas 1320 m2, dengan luas bangunan 1862 m2, yang sisanya untuk halaman dan kebun madrasah. Dengan halaman yang berada di lingkungan madrasah maka menambah nyaman anak-anak untuk melakukan kegiatan olah raga.
MI Muhammadiyah Kauman Wiradesa makin tahun makin meningkat kepercayaan masyarakat, terbukti setiap tahun semakin meningkat jumlah pendaftar calon siswa baru. Rata-rata pendaftar calon siswa baru mencapai 80 sampai dengan 90 siswa. Namun karena keterbatasan ruang dan mengacu pada aturan SNP maka tahun ini hanya mengambil siswa baru sebanyak 70 siswa.
Mata pencaharian masyarakat yang berbeda-beda mengakibatkan kondisi ekonomi pun bervariasi. Mayoritas masyarakat bekerja sebagai petani, pedagang dan buruh tani tetapi dalam hubungan kekerabatan masih berkembang sistem gotong royong yang baik. Realitas di atas menjadi kekuatan dan peluang untuk dapat lebih menumbuhkembangkan kesadaran masyarakat akan pentingnya pendidikan. Madrasah merupakan tempat beraktivitas yang aman, nyaman dan menyenangkan bagi seluruh warga madrasah. Lingkungan yang panas tidak membuat surut semangat belajar guru dan anak-anak menjadikan madrasah mantap sebagai pusat belajar siswa sehingga madrasah dapat dioptimalkan sebagai sumber belajar bagi anak didik, hal ini menjadi motivasi bagi madrasah untuk menyikapi kebijaksanaan pemerintah tentang wajib belajar 9 tahun.
