Perpustakaan MI Muhammadiyah Kauman bernama PUSTAKA B.J. HABIBIE, perpustakaan ini terletak di gedung B lantai 2. Pustaka artinya bacaan dan B.J Habibie merupakan presiden ke 3, salah satu tokoh panutan dan menjadi kebanggaan bagi banyak orang di indonesia, karena pesawat terbangnya. Berharap perpustakaan ini menjadi ruang bacaan, menggali ilmu, menambah wawasan bagi calon-calon habibie kelak.
Luas ruangan ini sekitar 7m x 4m dengan pelayanan sistem outomasi. Disini siswa dan siswi MIM Kauman dapat dengan mudah dan pelayanan cepat dalam peminjaman buku. Cukup dengan membawa Id Card siswa MIM Kauman, siswa siswi dapat menikmati pelayanan peminjaman buku selama seminggu, dengan maksimal buku yang dipinjam 2 eksemplar. Adapun keterlambatan harus membayar denda 1.000 rupiah per buku per hari.